南京中医药大学自1958年开展体育课程，1968年设置体育教研组，1984年在宣传部下设体育教研室，1995年11月10日成立军事体育部，与校人武部合署办公，2000年军体部不再单独设立，与学工部、学工处、毕业生就业指导中心合署办公。

2006年学校增设体育部为处级单位。负责体育教学、科研，运动队训练及管理，体育场馆管理。目前，体育部下设基础体育、专项体育、民族传统体育、群体运动与竞赛管理中心及大学生体质健康监测中心5个教研室、1个综合办公室和1个教学科研办公室。

现有教职工35人，其中正高职称1人，副高职称14人；冠军教师8人；国家级裁判7人，国际级裁判1人。

多年来，学校大学生运动代表队多次在全国、全国中医药院校、江苏省、南京市高校体育比赛中取得优异成绩。同时，群众性体育活动在全校蓬勃开展，举办篮球赛、排球赛、足球赛、羽毛球赛、乒乓球赛、传统体育比赛等形式多样的学生活动，校运动会吸引了全校师生和附院健儿的积极参与，生动体现了“健康第一”的体育教育理念。